Die Gemeinde Waldhufen liegt im zentralen Teil des Landkreises. Sie liegt etwa 8 km südlich der Stadt Niesky und 12 km westlich der Kreisstadt Görlitz. Sie liegt zwischen den Königshainer Bergen im Süden und der wald- und teichreichen Oberlausitzer Heide- und Teichlandschaft im Norden. Die Landschaft wird vorwiegend durch sanfte Hügel geprägt. Die Gemeinde grenzt bei den Ortschaften Jänkendorf und Diehsa an den Stausee Quitzdorf, in dem der Schwarze Schöps aufgestaut wird. Die Gemeinde Waldhufen ist eine Neubildung, die am 1. März 1994 entstand, als sich die eigenständigen Gemeinden Diehsa, Jänkendorf, Nieder Seifersdorf und Thiemendorf zusammenschlossen. Der Name spielt auf die vorhandenen Siedlungsform der Dörfer an, die als Waldhufendörfer angelegt sind.